Ze względu na dogodne warunki (żyzne gleby, bliskość rzeki, położenie na przecięciu szlaków handlowych, obronny charakter miejsca, ośrodki kultu pogańskiego) Czerwińsk i teren dzisiejszej gminy były zasiedlone od niepamiętnych czasów. Dawność tutejszego osadnictwa potwierdzają znalezione w Czerwińsku i jego okolicach artefakty kultur neolitycznych i kultur epoki brązu: trzcinieckiej i łużyckiej. Osadniczy boom, niezwykły demograficznie w skali całego Mazowsza, przeżył rejon Czerwińska w okresie wpływów rzymskich w I-II w. n. e. (kultury: przeworska i wielbarska). Jego reliktami są cmentarzyska grobów skrzynkowych w Miączynie, Sielcu i Janikowie oraz ośrodek kultowy w Radzikowie (Gaik).
Wędrówka ludów przerwała na pewien czas ciągłość osadniczą tego obszaru. Dopiero w VI-VII w. pojawiają się na tych terenach nowi gospodarze-Słowianie. W tym okresie Czerwińsk był związany z prężnym ośrodkiem grodowym w Wyszogrodzie - Drwałach. W okolicy miejscowości istniał także inny silny ośrodek kultu pogańskiego w Radzikowie (wzgórze Gaik).
Prawdopodobnie również w Czerwińsku istniał taki ośrodek kultu religijnego, na obecnym wzgórzu klasztornym. Od początku władztwa Piastów (X w.) Czerwińsk pozostawał w orbicie wpływów silnego ośrodka grodowego i kasztelańskiego w Wyszogrodzie. Pierwsza historyczna (pisana) wzmianka o Czerwińsku pochodzi z 1065 r. z tzw. falsyfikatu mogileńskiego. Osada jest wówczas wspomniana wśród kilkunastu grodów i miejscowości Mazowsza, w których benedyktyni z Mogilna posiadali swoje misje i uposażenia. To oni byli opiekunami pierwszej Czerwińskiej świątyni – kościoła Św. Wojciecha, położonego na obecnym wzgórzu cmentarnym. Kościół ten zachował funkcję świątyni parafialnej Czerwińska aż do 1778 r. W X-XI w. Czerwińsk rozwijał się w oparciu o dwa ośrodki osadnicze: biskupi – na terenie wzgórza cmentarnego i książęcy gród na wzgórzu klasztornym.
Momentem przełomowym w tysiącletniej historii Czerwińska było sprowadzenie tu Kanoników Regularnych ok. 1124 r. Budowa potężnej romańskiej świątyni p.w. Zwiastowania Najświętszej Maryi Pannie z fundacji biskupa płockiego Aleksandra z Malonne oraz klasztoru Augustianów świadczy o dobrym zagospodarowaniu i zaludnieniu Czerwińska i jego okolic, które weszły w skład pierwotnych włości konwentu.
Do końca XV w. czerwińscy augustianie byli największym posiadaczem ziemskim na Mazowszu – właścicielami 68 wsi oraz prebent w Płocku, Warszawie, Błoniu. Jak wynika z Bulli papieża Hadriana IV z 1155 roku, proces budowy kościoła i klasztoru oraz organizacji Czerwińskiego konwentu został zamknięty przed czasem wydania tego dokumentu.
Od samego początku świątynia przyciągała rzesze wiernych, a klasztor stał się ośrodkiem krzewienia nie tylko wiary, ale także centrum życia kulturalnego i gospodarczego. Te wszystkie czynniki miały olbrzymi wpływ na rozwój osady targowej, wyrosłej z dawnego podgrodzia.
Osada stała się zaczątkiem miasta, które istniało już na przełomie XIII i XIV w. Rozwój osady zahamowały najazdy litewskie z 1258 r. i litewsko-ruski z 1262 r. Dobrze ufortyfikowany zespół kościelno-klasztorny oparł się tym najazdem, co budzi szczególny podziw wobec zagłady grodów w Jazdowie (dzisiejszy Ujazdów w Warszawie) i Płocku.
Otoczony dobrami kościelnymi (biskupimi i opackimi) nie miał Czerwińsk możliwości odegrania roli ośrodka administracyjnego, która przypadła miastom: Wyszogród i Zakroczym. Wprawdzie pod koniec XIV w. istniał powiat czerwiński w składzie ziemi ciechanowskiej, ale roki sądowe odbywały się w Zakroczymiu. Taki stan rzeczy trwał do II połowy XV w., kiedy siedzibę powiatu przeniesiono z Czerwińska do Sochocina, a księgi sądowe do Ciechanowa.
Tuż przed ostateczną inkorporacją Mazowsza do Korony, na prośbę okolicznej szlachty, Czerwińsk i leżące w jego pobliżu wsie (teren dzisiejszej parafii czerwińskiej) przyłączono do ziemi wyszogrodzkiej.
W latach 1355-1370 Czerwińsk wszedł w posiadanie króla Kazimierza Wielkiego wraz z kasztelaniami płocką, wyszogrodzką, zakroczymską i wiską. Po śmierci ostatniego Piasta, Czerwińsk powrócił pod władzę książąt mazowieckich. Od 1374 r. na skutek podziału dokonanego przez księcia Siemowita III został włączony do księstwa czersko-warszawskiego, w składzie którego pozostał, aż do inkorporacji Mazowsza do Korony w 1526r.
Poprawa relacji polsko-litewskich w XIV w., a szczególnie zawarcie Unii w Krewie, rozpoczęły okres wzmożonego rozwoju miasta Czerwińska. Potwierdzeniem dawności miasta i jego znaczenia gospodarczego oraz dążeń mieszczaństwa, było lokowanie lub bardziej translokowanie miasta na prawie chełmińskim przez biskupa płockiego, za zgodą księcia Siemowita III w 1373 r. Miasto otrzymało własny herb i dwie białe obronne wieże ze złotym pastorałem na czerwonym tle.
W XV wieku Czerwińsk wszedł w swój okres złotego wieku, który trwał do połowy XVII stulecia. Do rozwoju gospodarczego miasta przyczyniły się: ożywienie handlu wiślanego, po uwolnieniu ujścia Wisły z rąk Krzyżaków w 1466 r.; koniunktura na polskie zboże w Europie Zachodniej; rozwój gospodarki folwarczno-pańszczyźnianej i ożywienie rynku lokalnego. Nie mały wpływ na rozwój miasta miał rosnący prestiż i ranga Czerwińskiego Sanktuarium oraz działalność gospodarcza Augustianów. Już od 1294 r., kiedy to w podziemiach czerwińskiej świątyni pochowano jej dobroczyńcę księcia Konrada II, świątynia zaczęła stawać się głównym kościołem Mazowsza, a w czasach Wazów jednym z Ołtarzów Ojczyzny. W XV wieku w Czerwińsku odbyły się trzy zjazdy szlachty mazowieckiej (1471, 1483, 1484), na których stanowiono prawo mazowieckie.
W 1452 r. odbył się tu zjazd książąt mazowieckich, a w 1475 r. spisano Kodeks Czerwiński, zawierający przywileje szlachty mazowieckiej. Do rangi Altera Patriae kościół czerwiński został podniesiony przez dynastię Jagiellonów i Wazów.
Władysław Jagiełło gościł w Czerwińsku aż czterokrotnie (1410, 1419, 1422, 1426). Po zwycięstwie grunwaldzkim król ofiarował, jako wotum do ołtarza Matki Boskiej, swoją złotą misiurkę. Idąc w ślady ojca, wotum w postaci hermy św. Barbary ofiarował czerwińskiemu sanktuarium także Kazimierz Jagiellończyk po zwycięstwie nad Zakonem Krzyżackim w wojnie trzynastoletniej.
Po przeniesieniu stolicy do Warszawy, kościół czerwiński stał się ulubioną świątynią Wazów. W 1593 r. odwiedził ją Zygmunt III Waza, w 1647 r. Władysław IV, składając wotum za powrót do zdrowia. Trzykrotnie odwiedził czerwińskie sanktuarium król Jan Kazimierz. Podczas ostatniej wizyty złożył tu wotum – chorągwie zdobyte na kozakach w wiktorii pod Beresteczkiem.
W sierpniu 1647 r. natomiast Objawienia Matki Boskiej w cudownym obrazie zapoczątkowały Kult Matki Boskiej Pocieszenia, wkrótce okrzykniętej Panią Mazowsza. Tradycja odwiedzin sanktuarium przez głowy państwa polskiego była kontynuowana w II i III RP. W 1930 r. gościł tu Ignacy Mościcki, a 12 grudnia 2018 r. prezydent Andrzej Duda.
W okresie Złotego Wieku Rzeczypospolitej, Czerwińsk osiągnął apogeum swojego rozwoju. Port Czerwiński był jednym z głównych, obok Płocka, Warszawy i Wyszogrodu, miejsc handlu zbożem. Rozwijało się rzemiosło, miasto słynęło z sukienników i garncarzy. Kupcy czerwińscy prowadzili dalekosiężny handel, głównie związany ze szlakiem wiślanym. Najbogatsi z nich wchodzili w skład patrycjatu Gdańska, Torunia, Warszawy.
8 października 1582 r. opat Stanisław Falęcki na prośbę Franciszka Rolki i innych mieszkańców klasztornej części Czerwińska, nadał jej prawa miejskie. Od tej pory funkcjonowały formalnie dwa miasta Czerwińsk: biskupi i opacki. Podział jednak był tylko formalny. Łączył bowiem miasta wspólny rynek, a mieszczan powiązania rodzinne. W drugiej połowie XVII wieku ten podział uległ całkowitemu zatarciu wobec klęsk, jakie spadły na miasto w okresie potopu szwedzkiego. Na skutek działań wojennych, a zwłaszcza morowego powietrza przywiezionego przez najeźdźców, z 500. mieszkańców którzy zamieszkiwali dwa miasta, pozostała zaledwie połowa.
Zniszczenie folwarków opackich i szlacheckich, wyludnienie wsi, spadek produkcji zboża, kres koniunktury na polskie zboże w Europie Zachodniej doprowadziły do upadku handlu dalekosiężnego i ruiny rynku wewnętrznego, w tym upadku rzemiosła. Nastąpił proces agraryzacji Czerwińska. Coraz więcej jego mieszkańców żyło z pracy na roli.
Kolejny cios w egzystencję miasta zadali ponownie Szwedzi w czasie III wojny północnej na początku XVIII w. W 1737 r. w Czerwińsku zostało już tylko 39 domów, a w 1777 r. zaledwie 29.
Pewne ożywienie w życiu miasta następuje pod koniec XVIII w., kiedy to osiedlili się w nim Żydzi zajmujący się głównie drobnym handlem i rzemiosłem. Aż do tego czasu, zarówno biskupi płoccy, jak i opaci czerwińscy, zakazywali ich osiedlenia się w swoich miastach. W 1807 r. Czerwińsk był jednym z najmniejszych miast na Mazowszu – liczył 152. mieszkańców, w tym 72. Żydów.
Po III rozbiorze Polski Czerwińsk trafił w ręce Prusaków, którzy upaństwowili dobra kościelne. W ten sposób Czerwińsk (jedno miasto) staje się miastem rządowym.
W okresie Księstwa Warszawskiego, Czerwińsk należy do departamentu wyszogrodzkiego.
19 maja 1809 r. wojska polskie, z pomocą mieszczan czerwińskich i okolicznych chłopów, odparły atak na miasto wojsk austriackich.
W okresie Księstwa Polskiego Czerwińsk przeżywa czas powolnego wzrostu demograficznego i gospodarczego, przerywany kolejnymi epidemiami cholery (1831 r., 1845-47 r., 1854-55 r., 1891 r.).
W 1820 r. ludność miasta stanowi 498. mieszkańców, w tym 70. Żydów, mieszkających w 46. domach, z czego tylko w 7. murowanych. W mieście odbywają się wówczas 3 jarmarki: na Trzech Króli, Św. Wojciecha, Św. Marcina.
W 1827 r. miasto liczy 522. mieszkańców i 45 domów. W 1860 r. w 68. domach żyło 807. mieszczan. W 1878 r. Czerwińsk liczył 1010. mieszkańców i 79 domów. W tym ostatnim roku osada posiadała: kościół parafialny, synagogę, 2 szkółki elementarne, zarząd gminy, 2 młyny wodne, 2 wiatraki, browar, 3 jatki, 22 różne sklepy i szynki.
Mimo realnej możliwości istnienia i rozwoju, które były związane z ożywieniem koniunktury zbożowej w drugiej połowie XIX w. i rozwojem żeglugi parowej, miasto zostało unicestwione wolą rosyjskiego zaborcy.
Pierwszy cios zadali sami Polacy zasiadający we władzach Królestwa Polskiego, kasując zakon augustianów w 1819 r., co zapoczątkowało trwający 100 lat okres upadku materialnego i duchownego Czerwińskiego Sanktuarium, ograbionego dodatkowo z bogatego księgozbioru i pamiątek przeszłości.
W 1869 r. zaborcy zadali cios ostateczny, odbierając Czerwińskowi prawa miejskie. Była to zemsta za aktywny udział mieszczan czerwińskich pod wodzą stolarza Piotra Łukaszewskiego w powstaniu styczniowym. Jego oddział został rozbity przez Rosjan w potyczce pod Raszewem w lipcu 1863 r. Powstanie aktywnie wspierał proboszcz czerwiński, Szymon Szczepański, skazany przez carat na 15 lat katorgi. Dodatkowym upokorzeniem było włączenie Czerwińska do wiejskiej gminy Sielec.
W 1902 r. powstała w Czerwińsku Ochotnicza Straż Ogniowa. Ożywienie życia religijnego, narodowego i kulturalnego przyniosła działalność społeczników, skupionych wokół księdza Eugeniusza Gruberskiego. Z ruin zaczęto podnosić i kościół, i klasztor. W 1905 r. doszło do gwałtownych wydarzeń w obronie polskiej szkoły – musiało interweniować wojsko.
W 1910 r. z inicjatywy ks. Eugeniusza Gruberskiego zorganizowano wielkie uroczystości patriotyczne z okazji 500-lecia wiktorii grunwaldzkiej. W latach 1917-1919, pod kierunkiem swojego proboszcza, mieszkańcy Czerwińska i okolicznych wsi usypali kopiec Kościuszki, wpisany obecnie do rejestru zabytków.
W 1923 r., dzięki staraniom ks. Gruberskiego, kościół i klasztor zyskał nowych gospodarzy – Zgromadzenie Salezjańskie. W okresie od 1908 do 1913 roku przystąpiono do remontu kościoła, pod kierunkiem znakomitego architekta Stefana Szyllera. I wojna światowa nie przyniosła większych szkód w Czerwińsku.
W dwudziestoleciu międzywojennym rozwój Czerwińska związany był z handlem, rzemiosłem, rolnictwem oraz usługami. W miejscowości funkcjonowały dwa młyny, fabryka świdrów, straż pożarna, poczta oraz szkoła podstawowa, zlokalizowana w północnej części osady. Czerwińsk zamieszkiwało w tamtym okresie 1600 osób, funkcjonowała przystań pasażerska oraz towarowa.
W czasie II wojny światowej cała ludność żydowska Czerwińska uległa zagładzie, a dodajmy, że przed wojną stanowiła prawie 50% miejscowej populacji. Czerwińszczanie włączyli się w ratowanie swoich żydowskich sąsiadów - jeden z nich za uratowanie żydowskiej dziewczynki otrzymał w 1979 roku medal Sprawiedliwy Wśród Narodów Świata, a nazwa Czerwińska znalazła się w Gaju Sprawiedliwych w Yadvashem. W zabytkowym klasztorze Niemcy utworzyli szkołę policji, wyrzucając stąd dotychczasowych właścicieli Salezjanów.
W Czerwińsku i jego okolicach działała aktywnie placówka ZWZ AK „FALA”. Komendantem obwodu płońskiego w latach 1940 – 1942 był porucznik rezerwy Ludwik Dłużniewski „Nadzieja”. Komendant i wielu jego żołnierzy, w latach 1942 -1945 złożyli daninę krwi, zamordowani przez Niemców w obozach w Oświęcimiu, w trzecim forcie w Pomiechówku i w więzieniu w Płońsku.
Po II Wojnie Światowej do Czerwińska powrócili Salezjanie, w których klasztorze przez pewien czas funkcjonował dom dziecka dla sierot po powstańcach warszawskich. Komuniści odebrali zgromadzeniu większość posiadanej przez nich ziemi. W kolejnych latach istnienia Polski Ludowej włożyli bardzo dużo wysiłku w osłabienie roli Czerwińska jako sanktuarium mazowieckiego i narodowego. Ograniczali m.in. działalność tutejszego aspirantatu i nowicjatu Zgromadzenia Salezjańskiego. Były to wysiłki nadaremne wobec działań Salezjanów i episkopatu oraz wielowiekowej tradycji, która sprowadzała do Czerwińska rzeszę wiernych. W 1968 r. kościół w Czerwińsku, mocą papieskiej bulli otrzymał status bazyliki mniejszej. W 1970 miała miejsce koronacja obrazu Matki Boskiej koronami papieskimi przez kard. Stefana Wyszyńskiego. Rok później, w rocznicę wiktorii wiedeńskiej, klasztor odwiedził kard. Karol Wojtyła.
Nowa rzeczywistość gospodarcza, zanik w latach 1970-1980 żeglugi wiślanej, zastąpionej transportem drogowym odsunął od Czerwińska szlaki komunikacyjne, co przyczyniło się do upadku tutejszego rzemiosła i handlu. Do 1954 roku Czerwińsk pozostawał w granicach przedwojennej gminy Sielec.
W wyniku reformy administracyjnej od 1 stycznia 1955 roku Czerwińsk stał się siedzibą gromady i zmienił też swoją nazwę na Czerwińsk nad Wisłą, co było zapewne sposobem na utratę przez niego wielowiekowej tożsamości. W kolejnej reformie administracyjnej, po likwidacji gromad, Czerwińsk nad Wisłą awansował do roli gminy. Od 1975 roku znalazł się w obrębie województwa płockiego, a że znajdował się na jego peryferiach, został zupełnie zaniedbany.
W 1999 roku Czerwińsk nad Wisłą znalazł się w województwie mazowieckim, w powiecie płońskim
Od 1 stycznia 2020 r. zgodnie z rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 26 lipca 2019 r. Czerwińsk nad Wisłą otrzymał statut miasta.
Wędrówka ludów przerwała na pewien czas ciągłość osadniczą tego obszaru. Dopiero w VI-VII w. pojawiają się na tych terenach nowi gospodarze-Słowianie. W tym okresie Czerwińsk był związany z prężnym ośrodkiem grodowym w Wyszogrodzie - Drwałach. W okolicy miejscowości istniał także inny silny ośrodek kultu pogańskiego w Radzikowie (wzgórze Gaik).
Prawdopodobnie również w Czerwińsku istniał taki ośrodek kultu religijnego, na obecnym wzgórzu klasztornym. Od początku władztwa Piastów (X w.) Czerwińsk pozostawał w orbicie wpływów silnego ośrodka grodowego i kasztelańskiego w Wyszogrodzie. Pierwsza historyczna (pisana) wzmianka o Czerwińsku pochodzi z 1065 r. z tzw. falsyfikatu mogileńskiego. Osada jest wówczas wspomniana wśród kilkunastu grodów i miejscowości Mazowsza, w których benedyktyni z Mogilna posiadali swoje misje i uposażenia. To oni byli opiekunami pierwszej Czerwińskiej świątyni – kościoła Św. Wojciecha, położonego na obecnym wzgórzu cmentarnym. Kościół ten zachował funkcję świątyni parafialnej Czerwińska aż do 1778 r. W X-XI w. Czerwińsk rozwijał się w oparciu o dwa ośrodki osadnicze: biskupi – na terenie wzgórza cmentarnego i książęcy gród na wzgórzu klasztornym.
Momentem przełomowym w tysiącletniej historii Czerwińska było sprowadzenie tu Kanoników Regularnych ok. 1124 r. Budowa potężnej romańskiej świątyni p.w. Zwiastowania Najświętszej Maryi Pannie z fundacji biskupa płockiego Aleksandra z Malonne oraz klasztoru Augustianów świadczy o dobrym zagospodarowaniu i zaludnieniu Czerwińska i jego okolic, które weszły w skład pierwotnych włości konwentu.
Do końca XV w. czerwińscy augustianie byli największym posiadaczem ziemskim na Mazowszu – właścicielami 68 wsi oraz prebent w Płocku, Warszawie, Błoniu. Jak wynika z Bulli papieża Hadriana IV z 1155 roku, proces budowy kościoła i klasztoru oraz organizacji Czerwińskiego konwentu został zamknięty przed czasem wydania tego dokumentu.
Od samego początku świątynia przyciągała rzesze wiernych, a klasztor stał się ośrodkiem krzewienia nie tylko wiary, ale także centrum życia kulturalnego i gospodarczego. Te wszystkie czynniki miały olbrzymi wpływ na rozwój osady targowej, wyrosłej z dawnego podgrodzia.
Osada stała się zaczątkiem miasta, które istniało już na przełomie XIII i XIV w. Rozwój osady zahamowały najazdy litewskie z 1258 r. i litewsko-ruski z 1262 r. Dobrze ufortyfikowany zespół kościelno-klasztorny oparł się tym najazdem, co budzi szczególny podziw wobec zagłady grodów w Jazdowie (dzisiejszy Ujazdów w Warszawie) i Płocku.
Otoczony dobrami kościelnymi (biskupimi i opackimi) nie miał Czerwińsk możliwości odegrania roli ośrodka administracyjnego, która przypadła miastom: Wyszogród i Zakroczym. Wprawdzie pod koniec XIV w. istniał powiat czerwiński w składzie ziemi ciechanowskiej, ale roki sądowe odbywały się w Zakroczymiu. Taki stan rzeczy trwał do II połowy XV w., kiedy siedzibę powiatu przeniesiono z Czerwińska do Sochocina, a księgi sądowe do Ciechanowa.
Tuż przed ostateczną inkorporacją Mazowsza do Korony, na prośbę okolicznej szlachty, Czerwińsk i leżące w jego pobliżu wsie (teren dzisiejszej parafii czerwińskiej) przyłączono do ziemi wyszogrodzkiej.
W latach 1355-1370 Czerwińsk wszedł w posiadanie króla Kazimierza Wielkiego wraz z kasztelaniami płocką, wyszogrodzką, zakroczymską i wiską. Po śmierci ostatniego Piasta, Czerwińsk powrócił pod władzę książąt mazowieckich. Od 1374 r. na skutek podziału dokonanego przez księcia Siemowita III został włączony do księstwa czersko-warszawskiego, w składzie którego pozostał, aż do inkorporacji Mazowsza do Korony w 1526r.
Poprawa relacji polsko-litewskich w XIV w., a szczególnie zawarcie Unii w Krewie, rozpoczęły okres wzmożonego rozwoju miasta Czerwińska. Potwierdzeniem dawności miasta i jego znaczenia gospodarczego oraz dążeń mieszczaństwa, było lokowanie lub bardziej translokowanie miasta na prawie chełmińskim przez biskupa płockiego, za zgodą księcia Siemowita III w 1373 r. Miasto otrzymało własny herb i dwie białe obronne wieże ze złotym pastorałem na czerwonym tle.
W XV wieku Czerwińsk wszedł w swój okres złotego wieku, który trwał do połowy XVII stulecia. Do rozwoju gospodarczego miasta przyczyniły się: ożywienie handlu wiślanego, po uwolnieniu ujścia Wisły z rąk Krzyżaków w 1466 r.; koniunktura na polskie zboże w Europie Zachodniej; rozwój gospodarki folwarczno-pańszczyźnianej i ożywienie rynku lokalnego. Nie mały wpływ na rozwój miasta miał rosnący prestiż i ranga Czerwińskiego Sanktuarium oraz działalność gospodarcza Augustianów. Już od 1294 r., kiedy to w podziemiach czerwińskiej świątyni pochowano jej dobroczyńcę księcia Konrada II, świątynia zaczęła stawać się głównym kościołem Mazowsza, a w czasach Wazów jednym z Ołtarzów Ojczyzny. W XV wieku w Czerwińsku odbyły się trzy zjazdy szlachty mazowieckiej (1471, 1483, 1484), na których stanowiono prawo mazowieckie.
W 1452 r. odbył się tu zjazd książąt mazowieckich, a w 1475 r. spisano Kodeks Czerwiński, zawierający przywileje szlachty mazowieckiej. Do rangi Altera Patriae kościół czerwiński został podniesiony przez dynastię Jagiellonów i Wazów.
Władysław Jagiełło gościł w Czerwińsku aż czterokrotnie (1410, 1419, 1422, 1426). Po zwycięstwie grunwaldzkim król ofiarował, jako wotum do ołtarza Matki Boskiej, swoją złotą misiurkę. Idąc w ślady ojca, wotum w postaci hermy św. Barbary ofiarował czerwińskiemu sanktuarium także Kazimierz Jagiellończyk po zwycięstwie nad Zakonem Krzyżackim w wojnie trzynastoletniej.
Po przeniesieniu stolicy do Warszawy, kościół czerwiński stał się ulubioną świątynią Wazów. W 1593 r. odwiedził ją Zygmunt III Waza, w 1647 r. Władysław IV, składając wotum za powrót do zdrowia. Trzykrotnie odwiedził czerwińskie sanktuarium król Jan Kazimierz. Podczas ostatniej wizyty złożył tu wotum – chorągwie zdobyte na kozakach w wiktorii pod Beresteczkiem.
W sierpniu 1647 r. natomiast Objawienia Matki Boskiej w cudownym obrazie zapoczątkowały Kult Matki Boskiej Pocieszenia, wkrótce okrzykniętej Panią Mazowsza. Tradycja odwiedzin sanktuarium przez głowy państwa polskiego była kontynuowana w II i III RP. W 1930 r. gościł tu Ignacy Mościcki, a 12 grudnia 2018 r. prezydent Andrzej Duda.
W okresie Złotego Wieku Rzeczypospolitej, Czerwińsk osiągnął apogeum swojego rozwoju. Port Czerwiński był jednym z głównych, obok Płocka, Warszawy i Wyszogrodu, miejsc handlu zbożem. Rozwijało się rzemiosło, miasto słynęło z sukienników i garncarzy. Kupcy czerwińscy prowadzili dalekosiężny handel, głównie związany ze szlakiem wiślanym. Najbogatsi z nich wchodzili w skład patrycjatu Gdańska, Torunia, Warszawy.
8 października 1582 r. opat Stanisław Falęcki na prośbę Franciszka Rolki i innych mieszkańców klasztornej części Czerwińska, nadał jej prawa miejskie. Od tej pory funkcjonowały formalnie dwa miasta Czerwińsk: biskupi i opacki. Podział jednak był tylko formalny. Łączył bowiem miasta wspólny rynek, a mieszczan powiązania rodzinne. W drugiej połowie XVII wieku ten podział uległ całkowitemu zatarciu wobec klęsk, jakie spadły na miasto w okresie potopu szwedzkiego. Na skutek działań wojennych, a zwłaszcza morowego powietrza przywiezionego przez najeźdźców, z 500. mieszkańców którzy zamieszkiwali dwa miasta, pozostała zaledwie połowa.
Zniszczenie folwarków opackich i szlacheckich, wyludnienie wsi, spadek produkcji zboża, kres koniunktury na polskie zboże w Europie Zachodniej doprowadziły do upadku handlu dalekosiężnego i ruiny rynku wewnętrznego, w tym upadku rzemiosła. Nastąpił proces agraryzacji Czerwińska. Coraz więcej jego mieszkańców żyło z pracy na roli.
Kolejny cios w egzystencję miasta zadali ponownie Szwedzi w czasie III wojny północnej na początku XVIII w. W 1737 r. w Czerwińsku zostało już tylko 39 domów, a w 1777 r. zaledwie 29.
Pewne ożywienie w życiu miasta następuje pod koniec XVIII w., kiedy to osiedlili się w nim Żydzi zajmujący się głównie drobnym handlem i rzemiosłem. Aż do tego czasu, zarówno biskupi płoccy, jak i opaci czerwińscy, zakazywali ich osiedlenia się w swoich miastach. W 1807 r. Czerwińsk był jednym z najmniejszych miast na Mazowszu – liczył 152. mieszkańców, w tym 72. Żydów.
Po III rozbiorze Polski Czerwińsk trafił w ręce Prusaków, którzy upaństwowili dobra kościelne. W ten sposób Czerwińsk (jedno miasto) staje się miastem rządowym.
W okresie Księstwa Warszawskiego, Czerwińsk należy do departamentu wyszogrodzkiego.
19 maja 1809 r. wojska polskie, z pomocą mieszczan czerwińskich i okolicznych chłopów, odparły atak na miasto wojsk austriackich.
W okresie Księstwa Polskiego Czerwińsk przeżywa czas powolnego wzrostu demograficznego i gospodarczego, przerywany kolejnymi epidemiami cholery (1831 r., 1845-47 r., 1854-55 r., 1891 r.).
W 1820 r. ludność miasta stanowi 498. mieszkańców, w tym 70. Żydów, mieszkających w 46. domach, z czego tylko w 7. murowanych. W mieście odbywają się wówczas 3 jarmarki: na Trzech Króli, Św. Wojciecha, Św. Marcina.
W 1827 r. miasto liczy 522. mieszkańców i 45 domów. W 1860 r. w 68. domach żyło 807. mieszczan. W 1878 r. Czerwińsk liczył 1010. mieszkańców i 79 domów. W tym ostatnim roku osada posiadała: kościół parafialny, synagogę, 2 szkółki elementarne, zarząd gminy, 2 młyny wodne, 2 wiatraki, browar, 3 jatki, 22 różne sklepy i szynki.
Mimo realnej możliwości istnienia i rozwoju, które były związane z ożywieniem koniunktury zbożowej w drugiej połowie XIX w. i rozwojem żeglugi parowej, miasto zostało unicestwione wolą rosyjskiego zaborcy.
Pierwszy cios zadali sami Polacy zasiadający we władzach Królestwa Polskiego, kasując zakon augustianów w 1819 r., co zapoczątkowało trwający 100 lat okres upadku materialnego i duchownego Czerwińskiego Sanktuarium, ograbionego dodatkowo z bogatego księgozbioru i pamiątek przeszłości.
W 1869 r. zaborcy zadali cios ostateczny, odbierając Czerwińskowi prawa miejskie. Była to zemsta za aktywny udział mieszczan czerwińskich pod wodzą stolarza Piotra Łukaszewskiego w powstaniu styczniowym. Jego oddział został rozbity przez Rosjan w potyczce pod Raszewem w lipcu 1863 r. Powstanie aktywnie wspierał proboszcz czerwiński, Szymon Szczepański, skazany przez carat na 15 lat katorgi. Dodatkowym upokorzeniem było włączenie Czerwińska do wiejskiej gminy Sielec.
W 1902 r. powstała w Czerwińsku Ochotnicza Straż Ogniowa. Ożywienie życia religijnego, narodowego i kulturalnego przyniosła działalność społeczników, skupionych wokół księdza Eugeniusza Gruberskiego. Z ruin zaczęto podnosić i kościół, i klasztor. W 1905 r. doszło do gwałtownych wydarzeń w obronie polskiej szkoły – musiało interweniować wojsko.
W 1910 r. z inicjatywy ks. Eugeniusza Gruberskiego zorganizowano wielkie uroczystości patriotyczne z okazji 500-lecia wiktorii grunwaldzkiej. W latach 1917-1919, pod kierunkiem swojego proboszcza, mieszkańcy Czerwińska i okolicznych wsi usypali kopiec Kościuszki, wpisany obecnie do rejestru zabytków.
W 1923 r., dzięki staraniom ks. Gruberskiego, kościół i klasztor zyskał nowych gospodarzy – Zgromadzenie Salezjańskie. W okresie od 1908 do 1913 roku przystąpiono do remontu kościoła, pod kierunkiem znakomitego architekta Stefana Szyllera. I wojna światowa nie przyniosła większych szkód w Czerwińsku.
W dwudziestoleciu międzywojennym rozwój Czerwińska związany był z handlem, rzemiosłem, rolnictwem oraz usługami. W miejscowości funkcjonowały dwa młyny, fabryka świdrów, straż pożarna, poczta oraz szkoła podstawowa, zlokalizowana w północnej części osady. Czerwińsk zamieszkiwało w tamtym okresie 1600 osób, funkcjonowała przystań pasażerska oraz towarowa.
W czasie II wojny światowej cała ludność żydowska Czerwińska uległa zagładzie, a dodajmy, że przed wojną stanowiła prawie 50% miejscowej populacji. Czerwińszczanie włączyli się w ratowanie swoich żydowskich sąsiadów - jeden z nich za uratowanie żydowskiej dziewczynki otrzymał w 1979 roku medal Sprawiedliwy Wśród Narodów Świata, a nazwa Czerwińska znalazła się w Gaju Sprawiedliwych w Yadvashem. W zabytkowym klasztorze Niemcy utworzyli szkołę policji, wyrzucając stąd dotychczasowych właścicieli Salezjanów.
W Czerwińsku i jego okolicach działała aktywnie placówka ZWZ AK „FALA”. Komendantem obwodu płońskiego w latach 1940 – 1942 był porucznik rezerwy Ludwik Dłużniewski „Nadzieja”. Komendant i wielu jego żołnierzy, w latach 1942 -1945 złożyli daninę krwi, zamordowani przez Niemców w obozach w Oświęcimiu, w trzecim forcie w Pomiechówku i w więzieniu w Płońsku.
Po II Wojnie Światowej do Czerwińska powrócili Salezjanie, w których klasztorze przez pewien czas funkcjonował dom dziecka dla sierot po powstańcach warszawskich. Komuniści odebrali zgromadzeniu większość posiadanej przez nich ziemi. W kolejnych latach istnienia Polski Ludowej włożyli bardzo dużo wysiłku w osłabienie roli Czerwińska jako sanktuarium mazowieckiego i narodowego. Ograniczali m.in. działalność tutejszego aspirantatu i nowicjatu Zgromadzenia Salezjańskiego. Były to wysiłki nadaremne wobec działań Salezjanów i episkopatu oraz wielowiekowej tradycji, która sprowadzała do Czerwińska rzeszę wiernych. W 1968 r. kościół w Czerwińsku, mocą papieskiej bulli otrzymał status bazyliki mniejszej. W 1970 miała miejsce koronacja obrazu Matki Boskiej koronami papieskimi przez kard. Stefana Wyszyńskiego. Rok później, w rocznicę wiktorii wiedeńskiej, klasztor odwiedził kard. Karol Wojtyła.
Nowa rzeczywistość gospodarcza, zanik w latach 1970-1980 żeglugi wiślanej, zastąpionej transportem drogowym odsunął od Czerwińska szlaki komunikacyjne, co przyczyniło się do upadku tutejszego rzemiosła i handlu. Do 1954 roku Czerwińsk pozostawał w granicach przedwojennej gminy Sielec.
W wyniku reformy administracyjnej od 1 stycznia 1955 roku Czerwińsk stał się siedzibą gromady i zmienił też swoją nazwę na Czerwińsk nad Wisłą, co było zapewne sposobem na utratę przez niego wielowiekowej tożsamości. W kolejnej reformie administracyjnej, po likwidacji gromad, Czerwińsk nad Wisłą awansował do roli gminy. Od 1975 roku znalazł się w obrębie województwa płockiego, a że znajdował się na jego peryferiach, został zupełnie zaniedbany.
W 1999 roku Czerwińsk nad Wisłą znalazł się w województwie mazowieckim, w powiecie płońskim
Od 1 stycznia 2020 r. zgodnie z rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 26 lipca 2019 r. Czerwińsk nad Wisłą otrzymał statut miasta.